Stwierdzenie nieważności decyzji podatkowej po upływie okresu przedawnienia uniemożliwia wydanie kolejnego merytorycznego rozstrzygnięcia. Stanowi o tym wprost art. 247 § 2 o.p. Mimo to w obrocie prawnym pozostaje decyzja obarczona wadą kwalifikowaną i chociaż zasadne byłoby wydanie ponownej decyzji orzekającej co do istoty, to jednak upływ terminów przedawnienia sprawia, że istnieje przesłanka negatywna do stwierdzenia nieważności decyzji. W takim przypadku zachowanie organu podatkowego wyznacza § 3 komentowanego przepisu. Obowiązkiem tego organu jest wydanie decyzji odmawiającej stwierdzenia nieważności decyzji ostatecznej. W rozstrzygnięciu organ stwierdza, że decyzja zawiera jedną z wad wymienionych w § 1, a także wskazuje, jakie okoliczności uniemożliwiają stwierdzenie nieważności decyzji.